ماده 44- رسیدگی به جرائم قاچاق کالا و ارز سازمان یافته و حرفه‌ای، قاچاق کالاهای ممنوع و قاچاق کالا و ارز مستلزم حبس و یا انفصال از خدمات دولتی در صلاحیت دادسرا و دادگاه انقلاب است. سایر پرونده‌های قاچاق کالا و ارز، تخلف محسوب و رسیدگی به آن در صلاحیت سازمان تعزیرات حکومتی است. چنانچه پروندهای، متهمان متعدد داشته و رسیدگی به اتهام یکی از آنان در صلاحیت مرجع قضائی باشد، به اتهامات سایر اشخاص نیز در این مراجع رسیدگی می‌شود.
تبصره ـ در صورتی که پس از ارجاع پرونده به سازمان تعزیرات حکومتی و انجام تحقیقات محرز شود رسیدگی به جرم ارتکابی در صلاحیت مرجع قضائی است، شعبه مرجوع‌ٌ‌الیه مکلف است بلافاصله قرار عدم صلاحیت خود را صادر کند. این قرار پس از تأیید مقام مافوق شعبه در سازمان تعزیرات حکومتی و یا در صورت عدم اعلام‌نظر آن مقام ظرف مدت یک هفته، قطعی است و پرونده مستقیماً به مرجع قضائی ذی‌صلاح ارسال می‌شود. همچنین در مواردی که پرونده به تشخیص مرجع قضائی در صلاحیت تعزیرات حکومتی است، پرونده مستقیماً به مرجع مذکور ارسال می‌گردد و شعب سازمان تعزیرات حکومتی مکلف به رسیدگی می‌باشند. مقررات این تبصره از شمول ماده (28) قانون آیین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب (در امور مدنی) مصوب 1379/1/21 مستثنی است. (اصلاح به موجب قانون اصلاح موادی از قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز مصوب 1394/7/21 مجلش شورای اسلامی)
ماده 45- هر کدام از شعب دادسرا و دادگاه انقلاب اسلامی، تعزیرات حکومتی و شعب تجدیدنظرآنها ظرف یک ماه از زمان تحویل پرونده باید رسیدگی و رأی نهائی را صادر کنند، مگر مواردی که حسب نوع جرم یا تخلف و علل دیگر، تکمیل شدن تحقیقات نیاز به زمان بیشتری داشته باشد که در این صورت حسب مورد مرجع رسیدگی‌کننده موظف است علت تأخیر را به صورت مکتوب به مقام مافوق گزارش دهد. عدم ارسال این گزارش موجب محکومیت انتظامی تا درجه سه می‌گردد.
ماده 46- در کلیه مواردی که سازمان تعزیرات حکومتی صالح به رسیدگی است شعب تعزیرات حکومتی همان اختیار مراجع قضائی در رسیدگی به پرونده‌های مزبور را دارند جز در مواردی که در این قانون به ضرورتِ أخذ دستور مقام قضائی تصریح شده است.
تبصره 1- اعضای شعب ویژه رسیدگی به پرونده‌های قاچاق کالا و ارز سازمان تعزیرات حکومتی به جز در موارد اثبات سوءنیت یا ارتکاب اعمالی که در قانون جرم است، در رابطه با ایفای وظایف قانونی در آراء صادره تحت تعقیب قضائی قرار نمی‌گیرند.
تبصره 2- به کلیه اتهامات رؤسا و اعضای شعب سازمان تعزیرات حکومتی که در مقام رسیدگی به پرونده‌های قاچاق کالا و ارز مرتکب می‌شوند در دادسرا و دادگاههای مرکز رسیدگی می‌شود.
ماده 47- شعبه رسیدگی کننده ضمن ارسال رونوشتی از مدارک پرونده به گمرک یا سایر سازمان‌های مأمور وصول درآمدهای دولت حسب مورد، در مورد تعیین ارزش کالا و یا ارز مکشوفه و بررسی اسناد ابرازی برای احراز جرم قاچاق استعلام مینماید. همچنین وقت رسیدگی به سازمان‌های مذکور و متهم ابلاغ می‌گردد. سازمان مأمور وصول درآمدهای دولت موظف است ظرف ده روز از تاریخ دریافت استعلام، پاسخ آن را ارسال و نماینده حقوقی خود را نیز برای حضور در جلسه رسیدگی معرفی نماید. در هرصورت، تشکیل جلسه رسیدگی منوط به حضور نماینده مذکور نیست.
ماده 48- در پرونده‌های قاچاق کالای ممنوع، سازمان یافته، حرفه‌ای و یا پرونده‌هایی که ارزش کالای قاچاق مکشوفه بیش از یک‌صد میلیون (100.000.000) ریال است، مرجع رسیدگی مکلف است نسبت به صدور دستور شناسایی و توقیف اموال متعلق به متهم در حدود جزای نقدی احتمالی از طرق مقتضی، از جمله استعلام از ادارات ثبت اسناد و املاک، مخابرات، بانکها و سازمان بورس و اوراق بهادار، اقدام نماید. مراجع طرف استعلام نیز موظفند ظرف پنج روز پاسخ لازم را به مرجع رسیدگی اعلام کنند.
ماده 49- به منظور اعمال نظارت قضائی بر پرونده‌های قاچاق در سازمان تعزیرات حکومتی، رئیس شعب تجدیدنظر ویژه رسیدگی به پروندهای قاچاق کالا وارز به پیشنهاد رئیس سازمان پس از تأیید وزیر دادگستری از بین قضات دارای پایه نُه قضائی پس از موافقت رئیس قوه قضائیه با ابلاغ ایشان منصوب می‌شوند.
تبصره- در مواردی که از شعب ویژه تجدیدنظر تعزیرات در موارد مشابه احکام مختلفی صادر شود با درخواست رییس سازمان یا وزیر دادگستری، موارد جهت ایجاد وحدت رویه به هیأت عمومی دیوان عالی کشور ارسال می‌گردد.
ماده 50- آراء شعب بدوی تعزیرات در مورد قاچاق کالا و ارز که ارزش آنها کمتر از بیست میلیون (20.000.000) ریال باشد، قطعی است. در سایر موارد آراء شعب ظرف بیست روز از تاریخ ابلاغ با درخواست محکومٌعلیه قابل تجدیدنظرخواهی است.
تبصره 1- جهات تجدیدنظرخواهی در شعب تعزیرات حکومتی مطابق قانون آیین دادرسی کیفری است.
تبصره 2- آراء صادره از شعب تعزیرات حکومتی در مورد پرونده های قاچاق کالا و ارز قابل اعتراض در دیوان عدالت اداری و سایر مراجع قضائی نیست.
تبصره 3- آراء صادره از شعب بدوی تعزیرات حکومتی و دادگاه انقلاب در صورتی که مبنی بر برائت متهم باشد ظرف بیست روز از تاریخ ابلاغ و پس از درخواست دادستان یا دستگاه مأمور وصول درآمدهای دولت یا ستاد و یا عنداللزوم دستگاه کاشف، قابل تجدیدنظرخواهی است. پرونده حسب مورد از سوی رئیس سازمان تعزیرات حکومتی یا رئیس کل دادگستری استان برای رسیدگی مجدد به یکی از شعب تجدیدنظر مربوطه ارجاع می شود. رأی شعبه تجدیدنظر قطعی و لازم‌الاجراء است.
تبصره 4- در کلیه آراء بدوی قطعی یا آرائی که به لحاظ عدم تجدیدنظرخواهی قطعی شده‌اند هرگاه دلیلی بر عدم انطباق رأی با قانون یا عدم تناسب جریمه نقدی با قانون موجود باشد، رئیس سازمان تعزیرات حکومتی می‌تواند تقاضای تجدیدنظر کند. (اصلاح به موجب قانون اصلاح موادی از قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز مصوب 1394/7/21 مجلش شورای اسلامی)
ماده 51- در کلیه مواردی که شرایط و ضوابط دادرسی در این قانون پیش‌بینی نشده است، مطابق قانون آیین‌دادرسی کیفری رفتار می‌شود.
ماده 52- متهمانی که به منظور رد اتهام قاچاق به اسناد مثبته گمرکی استناد میکنند، مکلفند ظرف ده روز از زمان طرح پرونده در مرجع رسیدگی کننده، اصل آن سند را ارائه نمایند. این مهلت با عذرموجه به تشخیص مرجع رسیدگی کننده حداکثر یک بار دیگر به مدت ده روز قابل تمدید است. به اسنادی که خارج از این مهلتها ارائه شود ترتیب اثری داده نمی‌شود.